Luego de googlear un poco encontré la solución en los foros de Ubuntu-es, todo radica en la instalación de los siguientes paquetes desde synaptic:libavformat52
libavcodec52
Creo qe el conflicto está con el repositorio de VLC, que instala libavformat-extra-52 y libavcodec-extra-52, aunque no puedo asegurar que esos paquetes sean realmente del repositorio de VLC. El caso es que así he solucionado mi problema de reproducción de video en Ubuntu y todo esta nuevamente super bien.
Fuente: http://www.ubuntu-es.org/?q=node/119756
